A jövőben Japán ismét nagyobb figyelmet fordít a tengerek védelmére, miután a tenger alatti bányászat és a tektonikus mozgások következtében az ország nagy része a víz alá süllyedt. Az emberek az elvesztett területeket hajóvárosok építésével pótolták, amiket azonban katonai szempontból is meg kell tudniuk védeni, így minden korábban kiszuperált hadihajót ismét hadrendben állítottak. Majd a megfelelő számú személyzet biztosítására tengerészeti leányiskolákat hoztak létre, amelyek növendékei ezeken a hajókon teljesítenek szolgálatot, a tengerek és a vízre épült városok biztonságára ügyelve. Ide nyer felvételt a történet főszereplője, Misaki "Mike-chan" Akeno is, akinek a Harukaze nevű hajó kapitányaként már az első hajóútja során nem várt megpróbáltatásokkal kell szembenéznie.